A coordenação do Projeto Pró-Espécies está composta pelo Ministério do Meio Ambiente e Mudança do Clima, agência implementadora Fundo Brasileiro para a Biodiversidade e agência executora o WWF-Brasil, juntos compõem também o Conselho de Coordenação e é responsável pela tomada de decisão estratégica no âmbito do projeto.

O Comitê Executivo é composto por representantes das organizações que integram os núcleos operacionais do Projeto Pró-Espécies como o Ministério do Meio Ambiente, WWF-Brasil, Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio), Jardim Botânico do Rio de Janeiro (JBRJ), Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA) e os órgãos estaduais do Meio Ambiente (OEMAs).  O Comitê Executivo tem o papel de orientar os núcleos operacionais, acompanhar a implementação do macro planejamento orientador, a partir de uma visão integrada dos Planos Operacionais Anuais elaborados por cada núcleo operacional.

A comunicação do Projeto Pró-Espécies: Todos contra a extinção assegura a integração, transparência e disseminação das etapas e resultados do projeto e constante envolvimento com seus parceiros e com o público interessado na conservação de flora e fauna criticamente ameaçada de extinção.